Jacob de Zoet est un jeune clerc ambitieux, envoyé à Dejima, près de Nagasaki pour redresser les finances de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales. Il se retrouve désemparé face à la corruption généralisée. Il se lie avec Orito, une jeune Japonaise, très vite enlevée et emprisonnée dans un temple par l'abbé Enomoto.